Chuyển đến Bavaria, phong cách chiến thuật của Pep không đổi. Như ông từng tuyên bố: “Bóng đá chiến thắng theo nhiều cách, nhưng điều đầu tiên tôi muốn là có bóng. Cho đến ngày cuối cùng của sự nghiệp”. Nhưng sơ đồ chiến thuật của Guardiola tại Allianz Arena lại biến hóa khôn lường. Theo một thống kê chưa chính thức, trong 3 năm dẫn dắt Bayern Munich, ông đã biến Cỗ xe tăng cục mịch này trở thành bậc thầy kiểm soát bóng và có thể thi đấu thành thục 12 sơ đồ khác nhau. Đó là con số khó tin bởi mỗi đội bóng thường chỉ thi đấu thành thục với 1 hoặc 2 sơ đồ, đến con số 3 đã là quá nhiều.
David Alaba từ hậu vệ cánh trái được kéo vào đá trung vệ để tận dụng khả năng phát động tấn công. Philipp Lahm từ hậu vệ cánh trái được đẩy vào vị trí tiền vệ trung tâm. Manuel Neuer trở thành thủ môn quét. Hay những pha độc diễn của Robben cũng được tập thể hóa một cách hài hòa. Di sản của Pep để lại ở Đức vĩ đại đến nỗi Toni Kroos, tiền vệ tài ba nhưng bị đẩy sang Real Madrid dưới thời của ông cũng phải thừa nhận:
“Pep là nhân vật quan trọng trong lịch sử bóng đá. Ông ấy đã khai sáng về tầm quan trọng của việc kiểm soát bóng. Nhiều HLV và quan chức các CLB đã đến Sabener Strasse, sân tập của Bayern để xem ông ấy huấn luyện và nói chuyện với ông về lối chơi mới mẻ ông tạo ra. Pep là người tiên phong, tạo ra cả lối đi cho HLV lẫn người hâm mộ”.
Và hiện tại, ở Anh, Man City dưới sự nhào nặn của Pep là một sự vĩ đại khác. Những cầu thủ nhỏ con đang chơi bóng đá và thống trị Premier League hàng ngày chứ không cần phải chờ đến một ngày mưa gió bão bùng ở Stoke. Pep đã thay đổi cả quan điểm bóng đá vốn vô cùng thủ cựu của xứ sở sương mù đồng thời tiếp tục thực hiện những cải tiến ấn tượng. Những hậu vệ biên dưới sự dẫn dắt của ông không còn là những cầu thủ chạy cánh đơn thuần, họ tham gia cả vào khâu điều phối và phát động tấn công. Sơ đồ 3 trung vệ thời thượng cũng được Pep học hỏi và áp dụng thành thục.
